La place forte militaire
Le château médiéval se transforme en place forte militaire avec les guerres civiles
Le château fut le théâtre des Guerres de Religion aux XVIe-XVIIe siècles. Il a subi plusieurs sièges de la part des deux camps dont il reste des traces historiques, des gravures (siège de 1573 notamment). Le système défensif médiéval est alors renforcé par l'édification plusieurs bâtiments dont d’une tour carrée et d’un bastion. Des casernes sont construites pour loger les soldats. Ces éléments viennent s’ajouter à ceux plus anciens transformés en prisons : tour Bermond, tour Montlaur (dans sa partie basse, le haut ayant été détruit), chapelle et logis. Des protestants, des femmes notamment, ont été enfermés dans les geôles royales.
La révocation de l’Edit de Nantes par Louis XIV en 1685 ravive les conflits religieux. La guerre des Camisards au début du XVIIIe siècle dans les Cévennes en est l’une des conséquences. Les Dragons du Roi furent chargés d’attraper les protestants et de les faire enfermer au château de Sommières. Les graffitis dans la chapelle royale témoignent de leur présence. Des prisonniers de droit commun ont aussi été incarcérés au château jusqu'à la fin du XVIIIe siècle.
Le fort royal perd son importance stratégique au XVIIIe siècle et bon nombre des structures défensives tombent en ruine, faute d'entretien. Des projets de réaménagements se succèdent sans qu'ils n'aboutissent. Fort heureusement, les archives du Génie militaire ont laissé des plans précis qui permettent de comprendre l'organisation de la place forte à cette époque, notamment ceux de Jacques Philippe Marechal qui a par ailleurs redessiné les jardins de la fontaine à Nîmes.